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转基因食品的安全性是全球社会普遍关注的一个问题。但是，总体上讲，到目前为止，凡是经过科学评价和政府部门严格审批获准上市的转基因食品都是安全的，全世界数亿人食用后没有出现一例转基因食品中毒或医疗事故。
应当指出的是，包括常规育种技术生产的食品在内，没有一个食品是百分之百安全的。同时，食品安全是一个相对和动态的概念，随着科学技术的进步，今天认为是安全的食品，明天可能发现有不安全的因素，同样，今天认为是不安全的食品成分，明天可以用新的技术将其删除或变为安全。我们日常食用的食品，大家感到比较放心，是因为人类的祖先在长期实践中逐渐认识到许多食品的不安全因素，掌握了保证安全的种植、养殖、生产、加工技术。
事实上，与常规育种技术相比，转基因育种的后果应比前者更能精确地预测。目前转基因技术通常只转了一、两个结构和功能非常明确的基因，因此该基因所提供的性状是可以预料的；而常规有性杂交，特别是远缘物种之间的杂交，转移的则是成千上万个基因。因此，只要假以时日，对于转基因食品，我们同样可以掌握安全使用的技术。科学家和政府监管机构对公众的健康和安全是高度认真负责的。
人们对转基因作物中的抗生素标记基因的安全性有所担心，事实上细菌对抗生素越来越产生抗性，并非由转基因作物所引起，而是由于在治疗人畜疾病中滥用抗生素造成的。从科学上讲，迄今并无食品中的抗生素标记基因水平转移到肠道细菌和肠道上皮细胞的机制和证据。其原因是，食品中的 DNA进入肠道时已成为碎片，而非完整的基因；肠道细菌需活化后外源基因才能转入；转基因植物中所用的启动子不适于在细菌中使基因表达；而且肠道中也不存在抗生素的选择压等等。针对公众的担心，目前科学家已发展出删除转基因作物中抗生素标记基因的技术，也可以使用安全的标记基因或不使用任何标记基因。
鉴于转基因作物有巨大的发展前景和潜在经济效益，全世界科学家在“ 支持生物技术宣言”上签名的人数已超过3000人(自2000年1月19日至今)，包括绿色革命之父、诺贝尔奖金获得者Norman Borlaug及许多著名人物。美国科学院、英国皇家学会、中国科学院、世界科学院等7大科学院也发表了支持生物技术的联合声明。
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